Integroitu genomiselain
| Versio (6 alkaen) | 9 |
| Platforms | |
| lisenssi | Open Source |
| Kategoria | tieteellinen |
| Lisätietoja (vieraile julkaisijan verkkosivustolla) |
|
Arvostelu:
|
Ohjelmiston yleiskuvaus
Tärkeimmät ominaisuudet
- Tukee erilaisia genomimuotoja, kuten GenBank ja FASTA
- Vuorovaikutuksessa datan kanssa zoomaus- ja panorointianimaatioilla
- Käytä ja lataa genomia QuickLoad-sivustoista
- Muunna tiedot erilaisiksi kaavioiksi
- Jaa tietoja yhteiskäyttäjien kanssa Dropboxin kautta
- Asenna laajennuksia lisätoimintoja varten
Integrated Genome Browser (IGB) on avoimen lähdekoodin ohjelma, jota käytetään katsomaan ja tutkimaan suuria genomisia aineistoja. Voit tarkastella erilaisia datamuotoja, olla vuorovaikutuksessa tietojesi kanssa, luoda kaavioita, tallentaa tietoja kuvina ja jakaa tietojasi yhteistyökumppaneiden kanssa.
IGB: n avulla voit tarkastella merkintöjen ja tasattujen jaksojen tietoja. Ohjelma tukee useita formaatteja, kuten FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband ja GenBank. Voit ottaa tietoja ja muuntaa ne erilaisiksi kaavamuotoiksi, mukaan lukien epäsuhtauskaaviot tietojen erojen korostamiseksi ja syvyyskaaviot peiton osoittamiseksi. Voit myös olla vuorovaikutuksessa tietojesi kanssa IGB: n zoomaus- ja panorointi-animaatioiden avulla.
IGB: n avulla voit käyttää ja ladata genomia QuickLoad-sivustoista, jotka ovat yksinkertaisia hakemistojärjestelmiä, sekvenssejä ja muita visualisointitarkoituksia varten tarkoitettuja tiedostoja. IGB tarjoaa kehittyneitä toimintoja ja laajennustukea toiminnallisuuden ja työnkulun automatisoinnin lisäämiseksi komentosarjojen avulla. IGB tarjoaa myös edistyneitä ominaisuuksia tietojen jakamiseen, olipa kyse sitten julkaisemisesta korkealaatuisena JPEG-, PNG- tai SVG-kuvana tai tietojen tallentamisesta Dropboxiin, jotta yhteistyökumppaneillesi on pääsy projektiisi.
IGB: tä käyttävät ensisijaisesti yliopiston tutkijat, biologit ja bioinformatiikat. Se tarjoaa edistyneitä työkaluja erilaisten genomidatamuotojen avaamiseen, tietojen visualisointiin erilaisina kaavioina ja tietojen jakamiseen yhteistyökumppaneiden kanssa. Valitettavasti ohjelma perustuu jatkuvan kehittämisen apurahoihin, mikä tarkoittaa, että tuki sovellukselle voidaan lopettaa milloin tahansa. Integrated Genome Browser on kuitenkin edelleen kykenevä, räätälöitävä ohjelma käyttäjille, jotka haluavat tutkia ja analysoida genomitietojaan.
Tuetut tiedostotyypit
Ensisijainen tiedostotunniste
Muut Integrated Genome Browser 9: n käyttämät tiedostotunnisteet
| Tuetut tiedostotyypit | |
|---|---|
| .SÄNKY | UCSC BED -merkinnän jälkitiedosto |
| kantavassa | DeltaMaster-analyysiistunto |
| .TEKEE | FASTA-muotoinen sekvenssitiedosto |
| .TEET | FASTA-sekvenssitiedosto |
| .FASTA | FASTA-sekvenssitiedosto |
| .GB | GenBank-datatiedosto |
| .SGR | SGR-genomitiedosto |
| .USQ | USeq Genome Data File |
Päivitetty: kesäkuu 29, 2016