MARKDOWN-tiedosto on tekstitiedosto, joka on luotu käyttämällä yhtä monista mahdollisista Markdown-kielen murteista. Se käyttää pelkkää tekstin muotoilua, mutta sisältää tekstisisällön symboleja, jotka määrittelevät tekstin muotoilun (esim. *lihavoitu* lihavoitua tekstiä tai muita merkintöjä kursiiville, sisennykselle, otsikoille jne.). MARKDOWN-tiedostot on tarkoitettu asiakirjojen kirjoittamiseen yksinkertaiseksi tekstiksi, joka voidaan helposti muuntaa HTML.
MARKDOWN-tiedosto on auki Microsoft Notepadissa
HTML-dokumentointijärjestelmien lisäksi Markdown-tiedostoista on hyötyä myös lähdekoodiversioiden hallintajärjestelmissä. Tämä johtuu siitä, että tekstitiedostot voidaan helposti tarkastella pelkkänä tekstinä historiallisia muutoksia vastaan. GitHubilla, joka on suosittu online-versionhallintajärjestelmä, luotuissa projekteissa käytetään usein tiedostoa nimeltä README.merkintä, joka sisältää readme lähdekoodille.
A Perl Markdown-niminen ohjelma on käytettävissä muuntaa Markdown HTML-muotoon. Sen voi ladata Daring Fireball -sivustolta, jota ylläpitää Markdownin kehittäjä John Gruber.
HUOMAUTUS: Markdown-tiedostot voivat käyttää myös MD, .MARKDNja .DOWN laajennukset. ".Markdown" - ja ".md" -laajennukset ovat kuitenkin suosituimpia.